安徽省市場監督管理局抽檢發現，南京同仁堂健康產業有限公司委托生產的一批次桂花奇亞籽堅果藕粉霉菌超標；另外該公司委托生產的一批次茯苓酸棗仁膏檢出菌落總數超標。

根據安徽省市場監督管理局發布的食品安全抽檢信息通告（2022年第17期），其中，亳州鼎誠商業運營管理有限公司銷售的、標稱南京同仁堂健康產業有限公司委托安徽國奧堂健康產業有限公司（亳州）生產的桂花奇亞籽堅果藕粉（300g/罐，生產日期：2021-11-12），霉菌檢測值為50CFU/g,10CFU/g,90CFU/g,<10CFU/g,80CFU/g，標準規定為n=5,c=2,m=50,M=102（CFU/g）。

而安徽胡雪巖堂國藥有限公司（亳州）銷售的、標稱南京同仁堂健康產業有限公司委托安徽胡雪巖堂國藥有限公司（亳州）生產的茯苓酸棗仁膏（300g/罐，生產日期：2022-03-15），菌落總數檢測值為23000CFU/g,27000CFU/g,19000CFU/g,27000CFU/g,22000CFU/g，標準規定為n=5,c=2,m=10?,M=10?（CFU/g）。

霉菌是真菌的一種，霉菌超標可能是生產企業所使用的原輔料受到霉菌污染，也可能是生產加工過程中衛生條件控制不嚴格消毒不徹底，還可能與產品包裝密封不嚴、儲運條件控制不當等有關。

菌落總數是指示性微生物指標，用以反映食品的衛生狀況。超標原因可能是生產企業所使用的原輔料初始菌落數較高；也可能是生產加工過程中衛生條件控制不嚴格；還可能與產品包裝密封不嚴、儲運條件控制不當等有關。

公開信息顯示，南京同仁堂健康產業有限公司是南京同仁堂藥業有限責任公司基于“一體兩翼”發展戰略及全面布局大健康產業的整體規劃成立的全資子公司，業務涵蓋食品（含保健食品）、化妝品等多個領域。

而南京同仁堂藥業有限責任公司前身是北平同仁堂京都樂家老鋪南京分號，1998年改制組建南京同仁堂藥業有限責任公司，2008年，公司“樂家老鋪”注冊商標獲“江蘇省著名商標”榮譽稱號；2009年，該商標又獲得“中國馳名商標”榮譽稱號，且該公司稱“公司生產產品在歷年的市場抽查中，均無發現不合格產品”。