2021年12月3日，福建省市場監督管理局發布2021年第46期食品安全監督抽檢信息公告。

標稱廣西桂林荔波食品有限公司2021年1月1日生產的中老年核桃粉（700克(20小袋)，商標：荔波+圖形），菌落總數不合格，檢驗結果為2.5×103；2.3×103；2.1×103；1.3×103；1.9×103CFU/g，標準值為n=5，c=2，m=1000，M=50000CFU/g。

菌落總數是指示性微生物指標，主要用來評價食品清潔度，反映食品在生產過程中是否符合衛生要求。食品的菌落總數嚴重超標，將會破壞食品的營養成分，加速食品的腐敗變質，使食品失去食用價值。菌落總數超標說明個別企業可能未按要求嚴格控制生產加工過程的衛生條件，或者包裝容器清洗消毒不到位；還有可能與產品包裝密封不嚴，儲運條件控制不當等有關。

據不完全統計，2019-2020年間，廣西桂林荔波食品有限公司有6批次產品被市場監管部門檢出不合格。

河北省市場監督管理局發布的關于4批次食品不合格情況的通告（2020年第37號）。其中廣西桂林荔波食品有限公司生產的2批次芝麻糊均檢出霉菌超標。

張家口佳昊食品銷售有限公司銷售的廣西桂林荔波食品有限公司生產的核桃鈣奶黑芝麻糊（生產日期2018/9/6），霉菌的檢出值為65 CFU/g，55 CFU/g，40 CFU/g，20 CFU/g，80 CFU/g。同樣由張家口佳昊食品銷售有限公司銷售的另一款廣西桂林荔波食品有限公司生產的純香黑芝麻糊（生產日期2018/9/6），霉菌的檢出值為25 CFU/g，60 CFU/g，60 CFU/g，80 CFU/g，30 CFU/g。食品安全國家標準規定為n=5，c=2，m=50，M=100 CFU/g。

2020年3月27日，福建省市場監督管理局發布的2020年食品安全監督抽檢信息公告(第9期)中，廈門夏商百貨集團南平有限公司嘉聯店所售的廣西桂林荔波食品有限公司生產的2批次藕粉菌落總數超標。

標稱廣西桂林荔波食品有限公司2019年8月3日生產的純藕粉，菌落總數檢出值為18000 CFU/g，27000 CFU/g，16000 CFU/g，15000 CFU/g，2700 CFU/g。另一款標稱廣西桂林荔波食品有限公司2019年9月28日生產的紅棗蓮子藕粉，菌落總數檢出值為24000 CFU/g，19000 CFU/g，11000 CFU/g，36000 CFU/g，29000 CFU/g。標準值為n=5,c=2, m=10000,M=100000 CFU/g。

2019年11月8日，福建省市場監督管理局發布的2019年食品安全監督抽檢信息公告（第41期）中，福建永輝超市有限公司福州奧體中心廣場店銷售的，標稱廣西桂林荔波食品有限公司2019年7月12日生產的純豆漿固體飲料，霉菌不合格，檢出值為95 CFU/g，標準值為≤50 CFU/g。

2019年9月16日，云南省市場監督管理局發布的關于4批次食品不合格情況的通告（2019年第14期）中，廣西桂林荔波食品有限公司2019年7月12日生產的牛奶加鈣豆奶粉固體飲料，霉菌超標，檢出值為200 CFU/g，標準值為≤50 CFU/g。

據公開資料，廣西桂林荔波食品有限公司"荔波"牌曾被原廣西壯族自治區工商行政管理局評定為“廣西著名商標”、“廣西名牌產品”。但該商標曾被媒體質疑盜用擁有“世界自然遺產”的貴州荔波縣縣名作商標，涉嫌違反商標法。

據金黔在線－貴州商報報道，因廣西桂林荔波食品有限公司多年來有多批次食品檢驗不合格，不知情的游客以為其產品是貴州省荔波縣生產的，使得許多游客在荔波縣不敢買袋裝食品，損害了貴州荔波縣的聲譽。據我國《商標法》第十條第二款規定,“縣級以上行政區劃的地名或者公眾知曉的外國地名,不得作為商標。”廣西桂林荔波食品有限公司使用貴州荔波縣的縣名作商標，有違法之嫌。